Ah, es porque con cada iteración del while estás pisando el valor de $fila.
Si quieres retornar un array tipo tabla, debes trabajar $fila como un arreglo mutidimensional: 
 Código PHP:
     $fila[] = array('Consecutivo'=>$arr['aplConsecutivo'], 'Nombre'=>$arr['aplNombre']); 
    
  En todo caso, si vas a retornar todo el contenido del resultado, no es necesario que especifiques los valores a recuperar: te debiera bastar con asignar en cada iteración el valor del momento, en este caso, almacenado en $arr: 
 Código PHP:
     $fila[] = $arr; 
    
  Saludos! 
Editado: Por cierto, trabajando así, ya no tendrás que llenar tu $_SESSION dentro del bucle, sino fuera del mismo, justo antes de retornarlo. 
 Código PHP:
     while($arr = $Busq->fetch_array())
 {
   $fila[] = $arr;
 }
 $_SESSION['filas'] = $fila;
 return $fila;