¿Dónde está el problema de código PHP?
Mira bien dónde publicas, tu problema no es de Apache, ni de PHP, no corresponde aquí.
La palabra "correcto" es ambigua, pues sólo tu sabes lo que estás buscando, así que lo que puede ser correcto para ti puede que no lo sea para todos.
Si no sabes mucho de Unix deberías leer un buen manual de permisos, no está bien que mezcles cosas sin saber.