Cita:
Iniciado por posicionseo 
no puedes ponerlo en otra parte que no sea la raiz.
Lo que si: dile a tu cliente que te de acceso al robot.txt y haz una copia de seguridad antes, desde ahi puedes administrar "tu SUBDOMINIO" al que te han designado.
Cuidado, cuando hablas de administrar un "subdominio" te refieres a una cosa complemente diferente.
Como dije en mi respuesta anterior, el robots.txt tiene que ir en la raíz del dominio, pero si tienes un subdominio, entonces el archivo robots.txt tiene que ir en la raíz del subdominio, y no del dominio, ya que el subdominio funciona como un dominio a parte, distinto al principal.