Sí, tiene pinta de ser un problema de hilos. Hay un hilo de java encargado de dibujar las ventanas y que desgraciadamente es el mismo hilo que usa java para avisar de eventos en los botones, menús, etc.
Si como consecuencia de la pulsación de un botón haces tareas que tardan mucho, toda la interfaz java se queda "bloqueada", incapaz de atender más eventos e incluso de repintarse correctamente (minimizar y maximizar o incluso pasear otra ventana de otra aplicación por encima) mientras se esté ejecutando esa tarea tuya que tarda.
La solución es lanzar un hilo separado nada más pulsar el botón, para hacer esa tarea que tarda.
Tienes todo esto más detallado aquí
http://chuwiki.chuidiang.org/index.p...hread)_de_Java
Se bueno.