Problema con url .com y .com.ar

[sergiolimo.]

Hola, estoy teniendo un problema y necesito su opinion experta
Tengo un dominio .com al que he realizado todo el seo y un .com.ar que lo tengo aparcado con la misma ip en el servidor. Siempre hice todo el seo al .com, y el problema que tengo es que en ciertas palabras me sale 1ero el .com y en otras el .com.ar
Hasta ahi bien, porque de ultima se compensan, pero el problema es que estoy haciendo todos los links del sitio absolutos ya que antes los tenia relativos y tenia problemas con el robot de google que se perdia y quedaba rebotando en ciertas carpetas. Ahi viene la cuestion, si pongo las url absolutas con .com le quitaria todo el valor a las .com.ar (ya que ninguna url interna apuntaria a ellas)
Importa eso? apunto todo a .com? todo a .com.ar? detecto de alguna manera en path en donde estoy y apunto a .com si estoy parado en .com y a .com.ar si estoy en .com.ar ?

Gracias