Bueno, lo primero de todo, gracias por animarte a contestar Leo,
Finalmente llege a la misma conclusión que me expones, y realize un sistema mixto sacando ideas de esta entrada que encontre (
http://aspymvc.com/utilizar-fulltext...b/#comment-714 )
Básicamente deje la misma estructura en innoDB que ya tenia y cree una segunda tabla con los campos de textos sobre los que en algun momento realizo busquedas.
Esta segunda tabla, la mantengo siempre sincronizada con la original mediante los triggers y ejecuto sobre ella los fulltext (esta segunda tabla si es myISAM) devolviendome en respuesta los identificadores que necesito para obtener la información de las tablas principales.
Luego desde el script hago una discriminacion si es 1 o más terminos y eligo si realizar el math agains o el like
Como es una consulta con varias tablas unidas, desde esta unica sentencia obtengo directamente todos los campos que necesitos, ya filtrados.
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Tambien mientras googleaba en busqueda de soluciones, me encontre con este motor de busqueda que pinta muy muy bien:
http://sphinxsearch.com/docs/2.1.1/
Lo descarte para mi caso porque no me merecia la pena añadir un motor tan complejo para realizar la busqueda de un texto. Pero el algo que me apunte pues estoy seguro usare en el futuro, y como dedique tiempo en encontrarlo, pues aprobecho y lo comparto aqui con ustedes por si alguno no lo conocia.
Un saludo a la comunidad, y de nuevo gracias a Leo por su participación. :)