A ver, primero separa conceptos, tu problema es creer que PHP puede ejecutar una función de Javascript.
No, si lo piensas dos veces, al final el PHP lo que imprime es HTML, y en dicho HTML, en el atributo onclick es donde ejecutas la función.
¿Entiendes que no es igual?
Ahora, ¿como saber que está pasando?
Pues depurando tu código en el navegador, ver si está bien formado, depurar con Firebug si genera un error de Javascript, etc.
En el foro no vas a encontrar ninguna solución mágica, simplemente debes ponerte manos a la obra y observar lo que sucede, sencillamente nosotros no podemos adivinar lo que te ocurre.
