a ver la explicación esta mas que clara:
cuando esta el usuario registrandoce... y vas a insertar la información en tu base de datos la misma estructura de tu base de datos debe crear el ID del usuario y asignársela:
te dejo un ejemplo pero esto es MySQL
Estructura:
con esto el ID es auto incrementable... si no deseas este sistema puede dejar el ID como primary key de la tabla y hacer una funcion PHP que genere un numero random de 6 digitos y guardarlo en el campo de la ID dentro de tu base de datos comprobar que no este duplicada antes de guardarla...