¿estás diciendo que primero generas un csv, para luego crear el excel?: con phpexcel no hace falta, y dependiendo del DBMS algunos pueden generar csv de forma rápida sin usar PHP, puro SQL, como mysql
recuerdo que PHPExcel tiene una clase especial para lectura y escritura masiva, consulta la documentación, creo que es ExcelWriter o algo así, aunque aquí tienes opciones:
http://stackoverflow.com/questions/3...-for-php-excel