Cita: Pero en esta consulta no sale la e3 por no tener reportes activos
si tu hiciste un left join de empresas a usuarios y de usuarios a reportes lo que tienes a la izquierda sale todo osea que salen todas las empresas. Otra cosa sería si pusieras inner join osea que no puede pasar que la emprea e3 no salga si pusiste empresas a la izquierda.