Hola, lo que suelo hacer es poner la información de php en campos ocultos dentro de mi html y luego, javascript los toma desde ahí. No es la forma más elegante pero es sencillo, funciona y es mucho mejor que poner tu js en el html para que PHP pueda escribirle. Un ejemplo:
mi .php
Código PHP:
Ver original...
<div id="variables>
<input type="hidden" id="var1" value="<?= echo var1?>"/>
<input type="hidden" id="var2" value="<?= echo var2?>"/>
</div>
...
y el .js
Código Javascript
:
Ver originalvar1 = $("#var1").val();
var2 = $("#var2").val();
Nota que el js debe pasar después de que la página haya cargado o no encontrará las variables.