Hola vesper_metal90:
No entiendo por qué utilizar en primer lugar un UNION, si a final de cuentas lo único la única diferencia es una condición... Esto sería lo mismo que hacer esto:
Código MySQL:
Ver original dcon.idEmpleado,
CONCAT(dcon.aPaterno
, ' ', dcon.aMaterno
, ' ', dcon.nombre
) nombreCompleto
FROM $bd_Cont.$tb_Empleado dcon
ON dcon.idEmpleado
=func.idEmpleado
dcon.idEmpleado = '".$liderAuditoria."');
La cláusula AS es completamente inútil. Ahora bien, si el problema es la ordenación, en el unión la cláusula ORDER BY se puede comportar de maneras distintas, dependiendo de cómo la utilices, puedes ordenar por partes o también ordenar la consulta final
Haz la prueba y nos comentas.
Saludos
Leo.