Lo mejor de todo es el
Codex, esa es
la biblia y el único sitio donde tienes todas las funciones de wordpress, tanto del Front como del Back. Pero es en inglés. Verás que allí mismo, en algunas secciones se indican artículos externos de referencia que también están muy bien.
En español encontrarás sobre todo tutoriales sueltos para solucionar problemas concretos pero no conoczco ningún manual de programación completo y específico, tampoco he buscado mucho pues mi fuerte no es la programación.
En este foro encontrarás a gente que sabe mucho de programación y si alguno lee el post tal vez pueda ayudarte mejor que yo. Yo creo que más que programar en WordPress, se trata de integrar en WordPress varios lenguajes de programación. Evidentemente para ello necesitarás conocer las funciones específicas de WordPress y esas están todas en el Codex.