Lo que mejor resultado da es el alta manual en los principales buscadores (google, yahoo, etc.). En el resto puedes utilizar algún método automático o semiautomático. Más información en el apartado 'Promoción' de:
http://www.recursosvoip.com/webmasters/index.php
También da buenos resultados participar en foros y grupos de news afines a la temática de tu web.
En esta dirección tienes mucha información interesante sobre los buscadores:
http://www.abcdatos.com/buscadores/