Hola gnzsoloyo.
Puse el update que finalmente hice y con el que conseguí mi propósito pero creo que lo borraste para mover este que puse inicialmente en el lugar que no correspondía. El update era el siguiente:
Cita: UPDATE bfb9s_virtuemart_product_medias AS u
JOIN
(SELECT l.virtuemart_product_id, l.virtuemart_media_id, COUNT( * ) AS ordering
FROM `bfb9s_virtuemart_product_medias` AS l
LEFT OUTER JOIN `bfb9s_virtuemart_product_medias` AS r ON l.virtuemart_product_id = r.virtuemart_product_id
AND l.virtuemart_media_id >= r.virtuemart_media_id
GROUP BY l.virtuemart_product_id, l.virtuemart_media_id) AS tmp
ON tmp.`virtuemart_product_id` = u.`virtuemart_product_id`
AND tmp.`virtuemart_media_id` = u.`virtuemart_media_id`
SET u.ordering = tmp.ordering
Todo esto surge porque introduje todas las imágenes relacionadas con los productos de forma masiva, y no sé por que razón el campo ordering obtenía valor 0 para cualquier fila. Ésto era un problema, ya que Joomla obtiene la imagen principal a través del orden de imágenes de producto (cuando ésta acción se realiza desde el panel de administración sí se guarda con un orden determinado).
Saludos.