Nueva respuesta del soporte tecnico:
Pregunte si me podian orientar sobre el error...
Cita: 1. Nos parece que hay algún código en el script que "reacciona" a la creación de un php.ini, pues al solo crearlo dentro del folder (aún cuando esté vacío), el scriot pierde la capacidad de mantener abiertas las sesiones. No somos expertos en el código de su script, por lo que no podríamos detallarle cual es el conflicto.
2. Magic_quotes sustituye algunos caracteres por el "\" en los datos cuando está activo. Esto hace que algunos scripts fallen. Lo que hace el código que incluimos, es prevenir que los efectos de magic_quotes se apliquen, modificando las funciones de paso de datos como POST, GET, etc. Cabe destacar que hemos usado el código recomendado por el manual de PHP, exactamente ese código.