El formato al que te refieres son saltos de linea, si los muestra el text area eso quiere decir que tienes guardados los saltos (\n) en el campo de la base de datos... es lo mismo imprimir el contenido del campo en un text area que guardarlo en una variable, haz la prueba de guardar el campo en una variable php y luego usa esa variable para llenar el textarea.
El problema seguramente te viene en el momento de poner esa variable en el word...en el entorno MS creo que ademas de \n usan el retorno de carro.... aquí hablan del tema
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/4edbef7e.aspx creo que debes hacer un replace de \n al equivalente microsoft para que te funcione.