Esto me pasa por tratar de "acortar el codigo para mostrarselo a ustedes...
   Código PHP:
    for($i=0;$i<count($_POST["idnEst"]); $i++){ 
$notaTrimestre3="".$_POST['notaTrimestre3'][$i].""; 
 
 
//Dentro del for hago una validacion  
 
if($CohorteSec==1){ 
 
 
$trimestre_porcentaje2 = mysql_query("SELECT  porcentaje, nota_segundo_trimestre, cod_docente, fecha_carga FROM nota_segundo_trimestre WHERE cod_asignatura='".$_SESSION['tmpAsignatura']."' and anio='".$anio_trimestre2."' and periodo='".$periodo_trimestre2."' and trimestre='2' and  trayecto='".$TrayectoSec."'",$conexion);
$valor_procentaje2 = mysql_fetch_array($trimestre_porcentaje2);
$porcentaje_trimestre2 = $valor_procentaje2['porcentaje'];
$nota_trimestre2 = $valor_procentaje2['nota_segundo_trimestre'];
$Fecha_trimestre2 = $valor_procentaje2['fecha_carga'];
$Docente_trimestre2 = $valor_procentaje2['cod_docente'];
 
} 
 
//Fuera del IF coloco mi insert 
 
 
 
$insertar_notas=mysql_query("INSERT INTO tr_nota_pnf(cod_estudiante, cod_asignatura, descripcion_materia, pensum, cod_seccion, porcentaje_primer_trimestre, nota_primer_trimestre, fecha_primer_trimestre, 
                          cod_docente_primer_trimestre, porcentaje_segundo_trimestre, nota_segundo_trimestre, fecha_segundo_trimestre, 
                          cod_docente_segundo_trimestre, porcentaje_tercer_trimestre, nota_tercer_trimestre, fecha_tercer_trimestre, 
                          cod_docente_tercer_trimestre, promedio, anio, periodo ,trayecto, usuario)VALUES('".$cedulaEst."', '".$_SESSION['tmpAsignatura']."' ,'".$materia_descripcion."','".$pensum."','".$_SESSION['tmpSeccion']."','".$porcentaje_trimestre1."','".$nota_trimestre1."',
                                    '".$Fecha_trimestre1."','".$Docente_trimestre1."','".$porcentaje_trimestre2."','".$nota_trimestre2."','".$Fecha_trimestre2."',
                                    '".$Docente_trimestre2."','".$Porcentaje_tercer_trimestre."','".$notaTrimestre3."','".$fechaInicial."','".$cod_profesor."',
                                    '".$Nota_total."','".$_SESSION['anio_periodo']."','".$_SESSION['periodo']."','".$TrayectoSec."','".$usuario."')",$conexion);
 
       
 
} 
    
  
El for funciona muy bien, los inserts tambien, el problema es que cuando quiero hacer el insert de las notas solo me toma el primer valor del campo nota_segundo_trimestre
Y no se como rayos hacer que me tome, todos los demas. 
Probe en el insert algo asi:   
 Código PHP:
    $nota_trimestre2[$i] 
    
  Pero si la Nota es 20..me guarda un 2 :(  
Sin el 
 me guarda el 20 en todos los estudiantes, cuando todos los estudiantes pueden tener notas diferentes.!   
Gracias!