La utilización de iframes no afecta en modo alguno, positiva o negativamente, al posicionamiento.
No obstante, sí que puedes tener problemas en cuanto a la validación del mismo (errores de código por parte de W3C), es por eso que siempre recomiendo esta forma de inserción de vídeos de YouTube:
Código HTML:
<object type="application/x-shockwave-flash" style="width:425px;height:350px" data="http://www.youtube.com/v/HmvyQikdYP4"><param name="movie" value="http://www.youtube.com/v/HmvyQikdYP4" /></object>