No. Aqui hay 2 pasos. Primero PHP parsea la cadena y sustituye las variables PHP por sus valores. En el segundo paso, se envia esa cadena con los valores a MySQL que ejecuta esa cadena. Es mas, yo te recomendaria que siempre hicieses esto:
Código PHP:
$consulta="SELECT * FROM tabla";
$result=mysql_query($consulta);
Es decir, meter la consulta en una variable PHP y pasar esa variable como el parametro a mysql_query(). Asi esta mas claro que lo que realmente mandas a MySQL es la cadena despues de que PHP sustituya las variables por sus valores.
Espero haber aclarado algo.
PD: Ademas, asi a la hora de depuracion puedes hacer un echo $consulta; y ver el texto exacto de la consulta que ejecuta MySQL.