Si, según tú, estás trabajando con un array, lo único que se me ocurre es que el problema está en que la variable
$CohorteSec esté cambiando su valor dentro del ciclo y de ahí que todos los registros tengan la misma nota.
La verdad es muy difícil tratar de ayudar cuando se muestra el código a cuenta gotas y cada vez es diferente... yo paso!
