El proceso es:
Página que tiene el boton o link
---tiene-->
window.open() o taget en el formulario apunta a tu script que hace el proceso de leer tu archivo y mostrarlo como si lo ejecutases individualmente llamandolo por si sólo ...
---ejecuta->
La apertura de ese nueva ventana con la llamda a tu página (script.php ..) o el "target" usado en la definición del formulario (<form ..>) "llamará" a ese script.php y su resultado (HTML/etc resultante) lo entregará en dicha ventana/página nueva.
Si requieres pasar alguna variable de control o lo que necesites .. se lo pasas en el URI que vas a formar... como si de un link corriente se tratase:
Código PHP:
echo "window.open('script_php.php?variable=$valor','ventana','opciones')"
Es decir .. ejecuta tu ejemplo (el que te modifiqué yo último) en una página .. y llama -Sólo- a tu script que haga el proceso de leer el archivo y mostrarlo ...
Otros procesos que hagas con tus variables que serán las que le deberias pasar a tu porción de código que haga ese proceso de leer el archivo .. tratalas en ese "formulario" con ese javascript o bien le pasas el parámetro (variable(s)) que necesites como te acabo de poner el ejemplo ...
Te recuerdo que pienses que al "llamar" a un script.php .. este se procesa por parte de PHP y el resultado es una página HTML (con javascript y todo lo que quieras) común y corriente ..
Si no entiendes como funciona el objeto window.open() .. de javascript .. mejor pregunta en dicho foro y haz ejemplos "estáticos" con páginas HTML simples ... Ahí veras que la técnica es la que te puse al principio de este mensaje.
Un saludo,