Yo te sugiero que primero construyas la fuente de datos y te concentres en resolver el problema únicamente con Javascript.
Con PHP sólo debes crear una estructura iterable y luego pasarla a Javascript usando json_encode(), así únicamente te dedicas a procesar dicha estructura que en Javascript es nativa.
Código PHP:
Ver original<?php
while (/* ... */) {
$datos []= array(/* ... */); }
?>
<script>var datos =
<?php echo json_encode($datos); ?>;
console.log(datos);</script>
Combinar ambos lenguajes para producir el Javascript correspondiente es complejo si no dominas ambos lenguajes, y ese es tu principal problema.