Estoy confundida, porque como dice pateketrueke, parece que todavía no tienes muy claro cómo trabajar con los lenguajes combinados, aunque en tu código pareciera que sí lo tienes claro... Como sea, la idea en realidad es sencilla: lo que hacemos es escribir código javascript, pero en vez de hacerlo a mano, lo hacemos con php: no es que php entre a trabajar con javascript, sino que nos ayuda a automizar el llenado de las variables que usaremos en javascript.
Acá te dejo un ejemplo, basado en tu código, para que veas la lógica que te señalé en mi primer post:
Código PHP:
// en javascript, debes declarar arreglos javascript para almacenar tus lineas y puntos del mapa
var markers = new Array();
var PolyLines = new Array();
<?php
// con php, obtienes los datos de coordenadas
$query = mysql_query("SELECT * FROM routes WHERE from='$icao'");
// acá recorres los datos con php
for ($i = 0; $i < mysql_num_rows($query); $i++)
{
$destination = mysql_result($query, $i, 'to');
$query = mysql_query("SELECT * FROM airports WHERE icao='$destiantion'");
$latitudeD = mysql_result($query, 0, 'latitude');
$longitudeD = mysql_result($query, 0, 'longitude');
?>
// en javascript, imprimes el código que corresponde a la creación de cada línea del mapa:
// en vez de hacerlo en una misma línea todo el tiempo, lo debes hacer en un elemento
// del array javascript:
var linea = new google.maps.Polyline({
strokeColor: "#FF0000",
strokeOpacity: 2.0,
strokeWeight: 2
});
PolyLines[<?php print $i; ?>] = linea;
google.maps.event.addListener(markers[<?php print $i; ?>], 'click', function()
{
PolyLines[<?php print $i; ?>].setPath(polyCords);
PolyLines[<?php print $i; ?>].setMap(map);
});
<?php
}
?>
Ahora bien, cuando trabajas con la API de Google Maps, si vas a tener muchos puntos y datos en el mapa, se recomienda trabajar con XML, de modo que con php, en vez de escribir el código javascript directo, lo que haces es llenar un XML con los datos que el mapa puede entender (tiene sus propias tags y todo, lo ves en la referencia de la API), y luego con javascript creas un par de funciones que permitan leer este XML y traducirlo en el mapa.
Saludos!