HTML y HTML5 para mi es la misma cosa. HTML4.1 y HTML5 si puede ser algo diferente. Aunque si sabes uno, sabes otro. Por lo tanto, aprende HTML(5).
Y como CSS está directamente relacionado con HTML, pues la primera cosa para aprender sería HTML y CSS.
Después de eso, en principio vendría JavaScript. Digo en principio, porque una web puede funcionar sin eso, aunque no una que consideres moderna.
Y ya con eso, algún lenguaje de lado servidor —que no tiene porqué ser PHP.
Si tienes claro para qué es cada cosa, no tiene porqué mezclarse nada.
Lo más difícil de ser autodidacta es tener una disciplina en aprender de forma escalonada, no cogiendo lo que necesites en cada momento o haciendo cosas que no entiendes. Hacer sin saber no tiene sentido didáctico. Paso a paso. Entendiendo y sabiendo para qué y porqué es cada cosa. Ser curioso y hacer pruebas para ver cómo funciona todo suele ayudar mucho también.
Un buen sitio para empezar es
librosweb.es.
*profesionales