No depende del caso. Bueno, hay casos muy muy concretos y un tanto complejos en donde si se puede requerir para la estructuración general, pero dudo que sea tu caso. Pero en lo general es una mala práctica.
Cita:
Iniciado por mensajeescrito 
lo que no he entendido es lo que me has querido decir con:
"hacer la maquetación y estructuración de un sitio web sin sacar el contenido de su flujo natural".
Bueno, sino has entendido eso, defiendes el posicionamiento absoluto sin entender sus consecuencias.
Los editores web tipo WYSIWYG generalmente meten mucha basura en el código. Pero esto es desde el primero que existió hasta el más moderno que puedas encontrar. Y es por una razón muy lógica; no es lo mismo diseñar un sitio como si fuese Photoshop que hacer un sitio
a mano entendiendo cada cosa.
Dreamweaver concretamente, abusa del uso de posiciones absolutas para cualquier cosa. Ya de por si es un mal editor, pero esto lo agrava bastante. Además está viciando cada vez a más gente para que haga uso de ese tipo de posicionamiento, porque, claro, si lo hace Dreamweaver, estará bien hecho. Lo que tú mismo estás diciendo, vaya.
Cada vez que posicionas algo de forma absoluta, lo estás sacando del flujo del documento, es como si estuviese volando por encima.
Luego realmente tampoco existe nada que se llame "coordenadas" en CSS. Aunque es un error bastante común la alusión a estas.