Nunca se me ha dado esta situación (por suerte) pero me atrevería a decir que no afecta ya que una cosa es la IP del servidor que hospeda múltiples dominios y la otra los diferentes nombres de los dominios que gestiona. Las penalizaciones de Google són a nivel de nombre de dominio y no a nivel de IP (a diferencia de como ocurre con Spamhaus).
Aquí te dejo el vídeo de Matt Cutts que habla sobre la penalización en Google:
Y aquí un post que corrobora que Google no penaliza por IP si no por dominio:
http:// productforums.google.com/forum/#!topic/webmaster-es/M5VHjYQmmEs