Viendo de nuevo el código y las imágenes mostradas (que al final sí era algo como lo que ya te había preguntado), prueba a cambiar el uso de la función ceil() por otra similar, pues parece ser cosa de míseros píxeles el asunto. Prueba realizar el cálculo de $xpos e $ypos usando round() o floor(). Yo siempre uso floor() cuando trabajo con imágenes y ese tipo de cosas. Ahí nos cuentas cómo te va con esa pequeña prueba.
Saludos!
Editado: Lo que me entró en duda viendo de nuevo el código, es por qué haces:
Código PHP:
imagefill($image_new, 0, 0, $bgcolor);
...después de haber copiado la imagen redimensionada sobre tu thumbnail, ¿no la estarías tapando con el color de fondo al hacer esto? Es sólo una duda, ya que no he puesto a correr tu código para probarlo.
Saludos!