si tienes un servidor linux puedes descargarte ffmpeg y ejecutarlo con php, la opción que te da triby es muy buena y óptima, he utilizado ffmpeg y rinde muy bien.
otra opción es la que hay en este enlace, con el programa sox. también lo ejecutas desde php y parece que va bien también.
te da ligeras instrucciones de cómo hacerlo
http://stackoverflow.com/questions/7...o-files-in-php