Perfecto, solucionado todo.
Con la etiqueta <base /> ya no he tenido que cambiar todas las url.
por si alguien lee este post en el futuro que tenga el mismo problema que eche un ojo a este post que lo deja clarísimo.
[URL="http://pumka.net/2009/12/24/seo-friendly-urls-and-relative-links/"]http://pumka.net/2009/12/24/seo-friendly-urls-and-relative-links/[/URL]
Un saludo y de nuevo muchísimas gracias CoriaWeb, gracias a tu comentario he visto la luz en algo qeu me tenía muy pero que muy agobiado.
Gracias!!!!!!
