El ejemplo que aparece en el primer enlace tiene esto:
Código PHP:
Ver original 'elements' => '* -object', // Permitir todas las etiquetas, excepto object
'keep_bad' => 0, // Eliminar etiquetas malformadas o no permitidas
'clean_ms_char' => 2, // Eliminar caracteres raros insertados por MS-Word
'comment' => 1, // Eliminar comentarios html <!-- Esto -->
'css_expression' => 1, // Permitir style="" en etiquetas
);
Creo que está claro que en elements es donde especificas lo que quieres permitir, sólo necesitas agregar
-etiqueta para cada etiqueta que deba ser eliminada.
De hecho, creo que esta es la configuración que quieres, sólo falta que elimine los scripts.