No tiene en cuenta el contenido duplicado puesto que en la URL antigua ya no tiene contenido, y lo único que debe de haber es una redirección 301 con un traslado permanente a la nueva dirección, de esa forma le estás diciendo a Google que siga la nueva dirección y la sustituya por la antigua en los resultados de búsqueda.
Código PHP:
<?
Header( "HTTP/1.1 301 Moved Permanently" );
Header( "Location: http://www.paginaweb.com/nombre-seccion/" );
?>