Pues programas para hacer
diff hay muchos, inclusive hay en la web, etc.
Sólo debes buscar dónde es correcto, recuerda que en el foro de PHP tratamos únicamente problemas relacionados con código PHP.
Que quieras comparar archivos PHP no convierte tu problema en asunto de todos en el foro de PHP.
Ahí es dónde te has equivocado, por favor lee las normas del foro.
Google:
diff tool