Como sabe php donde esta ubicado el archivo mysql?

[gnzsoloyo]

PHP ni sabe ni le importa donde se encuentra MySQL, porque jamás lee un archivo. Se conecta a un servicio, y los servicios están residentes en memoria, y "escuchando" un puerto, que es lo que puede necesitar (opcionalmente) indicarse.
Es MySQL el que se encarga de acceder a las bases de datos que existan, porque en sus archivos de configuración (que siempre están en un sitio fijo) o en sus variables de entorno (que siempre existen), se indica claramente dónde están las bases en ese servidor.
Las bases no necesariamente existen porque las hayas diseñado con el Workbench, si no has hecho el forward engeneering necesario. Si no las creaste físicamente, sólo existirán como diseño, o bien como script. Y eso no es crear una base.