Tu problema es de sintaxis SQL, no de sintaxis PHP, no preguntes en el foro incorrecto.
Toda condición WHERE implica "<columna> <operador> <valor>", y claramente en tu WHERE te hace falta el operador resultando así:
Cuando debería ser así:
Cita: dependencia.COD_INST = %s
¿Ya te diste cuenta de lo que te hace falta en tu consulta?