1) lee sobre
escapar caracteres con php para consultas a base de datos.
también sirve para incrementar la seguridad de tu web al impedir sql injection.
2) en la base de datos se guardarán los saltos de línea tal cual, el problema es al sacar los datos de la bd, es ahí donde tienes que utilizar la etiqueta <pre></pre> de html al mostrar la información dentro de por ejemplo un <div>.
saludos! :)