No tenes forma de pedirle al hosting que lo instale?
Para generar un thumbail hace poco lo estuve haciendo también..
Código PHP:
$uploadfile = $_FILES['video_file']['name'];
$command = "/usr/local/bin/ffmpeg -i " . $uploadfile . " -vcodec mjpeg -vframes 1 -an -f rawvideo -s 75x75 -ss 00:00:5 tucarpeta/thumb.jpg";
exec("$command")
Ese script te genera una imagen jpg con la medida 75x75.
Donde dice tucarpeta podes cambiarlo por el que vos quieras en donde se guarda la imagen.
Saludos