codifica primero la cadena con la función de php urlencode();
http://es1.php.net/manual/es/function.urlencode.php
Para decodificarla posteriormente tendrás que usar urldecode();
http://es1.php.net/manual/es/function.urldecode.php
o puedes evitar tanto jaleo simplemente concatenando los pequeños espacios del nombre de tu fichero con subguiones o guiones... es decir:
$ruta_completa= "../css/documentos/Formato_de_Avisos_y_Permisos.doc";
Saludos!!