A veces se enciende la bombilla en cuanto dejas lo que estas haciendo, por si a alguien le ocurre en el futuro, esta es la solucion:
Hay que volver a montar las rutas en el primer virtualhost que sera el que responda si no hay ninguna otra coincidencia:
Código:
<IfModule mod_jk.c>
JkMount /app1/ worker
JkMount /app2/ worker
JkMount /app3/ worker
</IfModule>