Mantener dos versiones de una aplicación web

[pedrofuente]

Hola a todos, soy un programador de php novato. Hasta ahora para programar utilizaba notepad++ y me gusta mucho, pero quería dar un paso y empezar a desarrollar en eclipse PDT para hacer las cosas bien, facilitar el trabajo y usar sus herramientas.
Mi primer trabajo que tengo que realizar es una aplicación web, el problema es que esta aplicación tendrá dos versiones, prácticamente el código será el mismo con la excepción de algunas funciones y algunos botones. Y el problema es que no se como organizarme para hacer eso, no se si en eclipse hay alguna herramienta para hacer eso. Quiero evitar tener que mantener las dos versiones como si fueran dos programas diferentes y para cada modificación hacerlo por duplicado. Inicialmente mi idea era ir comentando y descomentando el código, pero es muy engorroso y además cuando entregue una versión no puede haber el código comentado de la otra versión. Mi pregunta es si conocéis alguna herramienta o lo que sea para hacer eso?
Muchas gracias.