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Iniciado por Xerelo 
Esa aplicación no tiene sentido en un servlet.
Un servlet genera un html que se envía a un navegador, por lo que es imposible que ejecutes ningún programa java en el ordenador del cliente, que es dónde se supone que querrías leer la huella. Para eso existen los applet.
No sé si me he explicado bien, pero en resumen periféricos y web no son compatibles salvo que uses applet.
Si man creo que tienes razon solo podre hacerlo con Applet, dado que tambien averigue que el dispositivo necesita interfaces graficas para funcionar, por eso no me funcionaba en un main ni en un servlet, y si me funciona en Jframe y en applet, ya que ellos cuentas con interfaces graficas. Gracias por la aclaracion.