Puede ser debido a lo que dice la
documentación:
Cita: Precaución
Seguridad: el conjunto de caracteres predeterminado
El conjunto de caracteres debe ser establecido a nivel del servidor, o con la función mysqli_set_charset() de la API para que afecte a mysqli_real_escape_string(). Véase la sección de conceptos sobre conjuntos de caracteres para más información.
Saludos