Cada opción tienes sus pros y sus contras, resalto los que funcionan de forma opuesta en uno y otro tipo.
Subdominios
Contra: pierdes relevancia. Los enlaces entre idiomas valen menos que entre dos páginas de una misma web.
Pro: clasifica mejor el contenido. Se puede geolocalizar cada idioma. Google distingue bien cada idioma por lo que, por ejemplo, no va a darle más relevancia en el buscador español a la página en inglés.
Se puede definir el idioma en cada documento (página) pero ya sabes que los meta tags Google los respeta poquito.
Carpetas (al revés):
Pro: los enlaces entre los distintos idiomas valen tanto cómo entre dos páginas de una misma web.
Contra: clasifica peor el contenido. No se puede geolocalizar por idioma. Google no diferencia bien los idiomas, es bastante probable que asocie páginas independientemente de los idiomas (al menos esa ha sido mi experiencia). Se puede conseguir que acabe bien diferenciados pero con más trabajo.
Tu conoces el proyecto y podrás decidir cuál es la opción que mejor le va.
