Pues colocar la variable es trivial realmente, tu problema radica tal vez en la redacción de la consulta SQL, ¿o eso no es? :pensando.
Porque de ser así entonces tu principal problema no corresponde a PHP, porque tu problema no es de PHP, pues como te digo es bien fácil colocar la variable.
Si tu dificultad es expresar la consulta de SQL entonces debiste abrir el tema en el sub-foro de SQL y no aquí.
Cita: SELECT * FROM table WHERE (todas tus condiciones) AND foo_id != 99