Count funciona mal al añadir un inner join

[gnzsoloyo]

Siendo que la relación (correctamente planteada) entre usuarios y posts, es N:N, y lo que quieres es saber la cantidad de usuarios de cada post, y no su contenido, la tabla Posts es innecesaria. Eso por lo pronto.
Por otro lado, en ese contexto, si lo que quieres saber es cuántos usuarios participaron de esos posts (o hilos, más bien, por lo que parece), lo que debes contar es cuántos usuarios diferentes hay relacionados con ese post.
O sea:

Código MySQL:

SELECT u.nombre, u.id usuarios_id, COUNT(DISTINCT u.id) total
FROM usuarios as u INNER JOIN post_usuarios as pu ON on u.id=pu.usuarios_id
GROUP BY pu.id;
 

Trata de no relacionar más tablas de las que efectivamente devolverán los datos buscados. Poner más sólo generara problemas de performance, pero no ayudará en nada.