duda con la propiedad de carpetas

[diagoras]

hola amigos este es mi primer post en el foro, intentare ayudar en todo lo que pueda con mucho gusto pero ahora soy yo quien tiene dolores de cabeza.
antes que nada indicar que vengo de windows server 2008 y todo perfecto con un servidor propio (en casa), pero este server se me quedo pequeño y no me puedo permitir una segunda licencia y menos de windows server 2012, un amigo me facilito una maquina de similares prestaciones a la que ejecuta win server que ya no usan en su empresa y pense cargarla con debian 7.1, despues de instalar apache php mysql pure-ftpd y el firewall me puse a subir el cms joomla que es el que usaba y uso en el servidor windows, pero me di cuenta que en linux apache debe tener permiso para leer y escribir bueno pues:
1 igual que en apache windows muevo la raiz del sitio a otra carpeta en el caso de debian la muevo a /home/diagoras/site y reinicio el servidor.
2 cuando ya reinicie el servidor empiezo a subir joomla a la carpeta site y cuando ya la subi hago lo siguirnte

chown -R www-data:www-data /home/diagoras/site para hacer apache el propietario de toda la carpeta y su contenido, las dudas que tengo son
¿al darle permiso total a apache y darle la propiedad de esa carpeta perdere derechos sobre ella?
?
¿estoy abriendo huecos de seguridad al cambiar de propietario dicha carpeta? ya que en linux todo programa tiene su propio grupo su usuario y contraseña, cualquiera que sepa el usuario y contraseña asignado a apache podria iniciar sesion y changarlo todo ¿no?
recordad que toda mi vida he usado servidores windows y creo que linux es completamente distinto, ademas empiezo a sospechar que el libro que tengo sobre linux cuando dice:

atencion linux no es para todos. dolo para usuarios de la elite
si usted ha manejado windows olvidese de penetrar en el mundo linux
creo que tiene mucha razon al decirlo, si me pueden responder a esto se lo agradeceria ya que las herramientas de diagnostico que tengo dicen que no hay huecos posibles pero siempre hay alguno ¿no creen?