Traer registros que no tengan valores

[gnzsoloyo]

el problema esta en que no logro mostrar las empresas que no hicieron compras en ese rango

Es un problema de lógica: Para que el rango sea aplicable, deben forzosamente existir compras en el período, o de lo contrario los valores serían NULL.
En principio, planteado así, la cosa es mas o menos simple:

Código MySQL:

SELECT  
    E.empresa, 
    SUM(P.precio * cantidad) monto, 
    COUNT(distinct MA.id_mercado) cant_mercado 
FROM empresas E
    left JOIN  pedidos P ON E.id_empresa = P.id_empresa
    left  JOIN detalle_pedido DP ON  P.id_pedido = DP.id_pedido 
    left JOIN precios on PR DP.id_precio = P.id_precio
    left JOIN mercado_activo MA ON P.id_mercado = MA.id_mercado 
WHERE 
    MA.fecha_inicio BETWEEN '2013-09-01'  AND  '2013-09-12'  
    OR MA.fecha_inicio  IS NULL
GROUP BY E.empresa