Como puedo ordenar por Fecha

[gnzsoloyo]

me los ordena por mes, entonces pone uno detras del otro, el septiembre del 2013 con septiembre del 2012

Porque eso es lo que estás indicando al poner:

Código SQL:

ORDER BY to_char(FECHA, 'MM/yy' )
 

De ese modo, transformas una fecha en una cadena de texto, tal qu eprimero van los meses con dos cifras y luego el año. es decir tu mismo le estás diciendo que lo orden easí.
Si quisieras ordenar por año y luego por mes, deberías indicarlo al revés:

Código SQL:

ORDER BY to_char(FECHA, 'yy/mm' )
 

Aunque yo en realidad lo haría:

Código SQL:

SELECT 
    to_char(FECHA, 'MM/yy' ) FR, 
    COUNT(FECHA) CANTIDAD 
FROM mitabla 
WHERE 
    FECHA > TO_DATE('09/12','MM/YY') 
GROUP BY to_char(FECHA, 'MM/yy' ) 
ORDER BY to_number(to_char(FECHA, 'mm' )), to_number(to_char(FECHA, 'yyyy' ))
 

Por cierto: es muy conveniente que uses los años con cuatro cifras y no con dos. Se dejó de usar las fechas con dos cifras desde hace más de una década, por su resultado inseguro.