Cita:
Iniciado por apañero 
El objetivo es conseguir algo que de primeras no pareciera un software de tienda online, sino que parezca algo más artesanal y personalizado, para diferenciarnos de la competencia, y que sea seguro y que tenga buenas opciones SEO.
Esto no lo entendí muy bién, ¿Quieres una tienda online QUE NO PAREZCA TIENDA ONLINE?, porque para tiendas hay muchas, esta
Magento,
Drupal Commerce y
Zend Cart
Cada uno de ellos permite personalizar la interfáz y existen plantillas ya prediseñadas listas para instalarse, ahora bien, si tu quieres algo que se "sienta" como algo artesanal, pues no hay otra opción que hacerlo en forma artesanal desde cero y así estarás 100% seguro de que no existirá otro sistema como el tuyo, todo depende de la inversión tanto en tiempo como en dinero que estés dipuesto a hacer.
Saludos.