Si lo que quieres es que al hacer una llamada al codebehind dependiendo el valor que te devuelva, mandar a llamar una funcion javascript enviandole ese valor para que haga algo que requieres, la mejor solucion seria poner dentro de tu javascript algo como esto:
Código Javascript
:
Ver original<script type="javascript">
//lo que tengas antes
.
.
.
var valor = <asp:literal id="litValor" runat="server">
.
.
.
//lo que tengas despues
</script>
Y eso lo llenas desde el codebehind, en el aspx y en codebehind te lo mostrara subrayado como que no existiera porque se encuentra dentro del script, pero al correrlo si lo encuentra, de ahi haces la llamada la funcion usando un scriptmanager
Código vb:
Ver originalScriptManager.RegisterStartupScript(Me,Me.getType(),"","compararValor()",true)
Espero te sirva si se trata de eso de las llamadas, si es de reescribir un js... bueno, eso ya viene por el lado de los Files, ya es un asunto diferente
